מעבר שער אפרים הינו מעבר במרכז איו"ש, המנוהל ע"י מנהלת המעברים שבראשות משרד הביטחון.
המעבר נותן מענה לסחר בין הערים הממוקמות במרכז איו"ש (טול כרם, שכם, קלקיליה וחלק ממחוז ג'נין) לבין ישראל.
מעבר שער אפרים מאפשר תנועת סחורות, אנשים ומעבר עובדים.
המעבר ממוקדם צפונה לכביש 557 ודרומית לטול כרם, ובקרבת כביש 6 המהווה עורק ראשי בישראל.