המשרד לשיתוף פעולה אזורי הוקם מחדש עם הקמת הממשלה ה- 32, ע"פ החלטת ממשלה 346 (מיום 07.06.09).
יעדיו העיקריים של המשרד לשיתוף פעולה אזורי הינם:
- • איתור ובניית שיתופי פעולה עם מדינות האזור ובכלל זה מדינות אגן הים התיכון והרשות הפלסטינית במגוון תחומים.
- • בניית ושיפור תשתיות פיזיות כפלטפורמה לשיתוף פעולה.
- • איתור והסרת חסמים לשיתוף פעולה.
- • יצירת דפוסי חשיבה חדשים לשיתוף פעולה בתחומים חברתיים (פרויקטי "עם לעם").
- • עידוד ובניית מסגרות חדשות לשיתוף פעולה.